سرنوشتش این بود که به جرم مبارزه برای دفاع از اندیشههایش و همراهی با نهضت پدرش، بازداشت و بعد از آن به همراه خميني كبير(س) تبعید شود و در نهایت به شهادت برسد. شهادت مصطفی هنوز یکی از مرموزترین اتفاقاتی است که كسي از پشتپرده آن خبر ندارد. اول آبان سال 56، وقتی به پدر خبر می دهند که مرگ مصطفی مشکوک است و باید کالبد شکافی شود،ايشان اجازه این کار را نمیدهد و میگوید با این کار عده ای را به دلیل دست داشتن در این کار بازداشت می کنند ولي متهمان اصلی بازداشت نمی شوند و فقط چند بی گناه به دام ميافتند. پدر به مصطفی دل بسته بود و اورا امید آینده اسلام می خواند. اطرافيان نيز به مصطفي خميني علاقه بسيار داشتند و در سوگ او به شدت گريستند.مصطفی تنها به دلیل فرزند روحا... خمینی(س) بودن مورد وثوق شخصيتهاي مذهبي نبود بلکه او در سن پایین به درجه اجتهاد رسیده بود و از لحاظ علمی بسیار مورد عنایت علمای قم و نجف بود. بعد از شهادت او، اظهارات فراواني درباره سيدمصطفي بيان شد و نزديكان از ويژگيها وخصوصياتش گفتند.
برخوردی سالم ولی جسورانه
داریوش فروهر که زماني در زندان رژیم شاهنشاهی با سید مصطفی خمینی هم سلولی بوده است درباره شخصیت سید مصطفی خمینی اينچنين میگوید: «سالی که در زندان بهسر می بردم، چندی با شهید بزرگوار حاج آقا مصطفی خمینی که در سلولی نزد من به سر می برد آشنا شدم. آن روزها نگهبانها و گردانندگان زندان، ماهی یك بار بهوسيله افسرانی از دادرسی ارتش، اداره دوم ستاد ارتش و ساواک از زندان بازدید می کردند.
من عادت داشتم که در این گونه مواقع به سلولم بروم تا برخوردی با آنها نداشته باشم.اما برخورد حضرت آیتا... حاج آقا مصطفی خمینی (ره) برای من بسیار جالب بود. هنگامی که ایشان از آمدن آنها آگاه شدند، به قرائت قرآن پرداختند. نشستن ایشان به گونهاي بود که نیمرخ ایشان رو به درِ سلول قرار میگرفت.
ایشان با صدای بلند شروع به خواندن قرآن کردند و من که در سلولم بودم، در تمام مدتی که این عده از آن قسمت بازدید می کردند، صدای تلاوت قرآن ایشان را میشنیدم. بعد که از ایشان پرسیدم چه گذشت؟ گفتندکه سرم را بلند نکردم که ببینم چه کسانی هستند و در سلول باز بود و آنها با یك درنگ کوتاه از جلوی آن رد شدند. خلاصه همان گونه که گفتم، ایشان را دارای شخصیت برجسته، سعه صدر و بسیار شایسته یافتم».
شیفتگی توده مردم
در همين راستا حجت الاسلام محتشمی كه از دوستان نزدیک مصطفی خمینی بوده است نيز در اين باره ميگويد:« در اثر مراجعاتی که عامه مردم به حاج آقا مصطفی (ره) داشتند، ایشان را یك انسان وارسته، متواضع و دوست داشتنی یافته بودند. یکی از ویژگیهای این مرد بزرگ، خضوع، فروتنی و بی پیرایگی ایشان بود. ایشان یك سری برنامه های عادی داشت. براي مثال وقتی همراه با حضرت امام (س) برای اقامه نماز مغرب و عشا و یا ظهر و عصر میآمد، بعد از اقامه نماز بدون هرگونه تشریفات و مانند یك طلبه عادی، چند دقیقه ای گوشه مسجد می نشست و تسبیح و ذکر صلوات و استغفار می گفت و هنگامی که مسجد از جمعیت خالی می شد، تنهای تنها به راه می افتاد و به طرف منزل خود حرکت می کرد یا در مسجد کوفه قبل و بعد از عبادات ماثوره، گعده می کرد و خودمانی با دوستان طلبه و غیر طلبه به گفتوگو می پرداخت و هیچ گونه تعیّن و تشخصی از خود نشان نمیداد.
این حالت فروتنی و تواضع، موجب ارادت و علاقهمندی طبقات مختلف نسبت به حاج آقا مصطفی (ره) بود، برای ایشان عرب و عجم فرق نمی کرد حتی اعراب و کسبه نجف میآمدند و دست ایشان را میبوسیدند و از ایشان احوالپرسی كرده و اگر سوالی داشتند، مطرح می کردند و میرفتند.
صراحت لهجه
اما سید احمد خمینی برادر کوچکتر حاج آقا مصطفی نيز در باره برادرش می گوید:«آنچه که من در برادرم دیدم و آن را در کمتر کسی یافتم، صراحت لهجه ایشان بود. به این معنا که حاج آقا مصطفی در مسائل اسلامی به هیچ وجه با کسی رودربایستی نداشت و بسيار صریح صحبت می کرد. براي مثال در طول مبارزات 15-16 ساله امام(س) از سال42 به این طرف، برادرم اگر می دید کسی که زمانی رفیقش بوده، از راه راست منحرف شده و با دستگاه همکاری می کند یا سکوت کرده است، به او می گفتند من دیگر نمیتوانم با تو باشم، تو آن طرف جوی و ما این طرف و این صراحت به حدی بود که گاهی بعضی از این دوست ها وقتی او را صدا می زدند هرگز جوابی از او نمی شنیدند. به همین مناسبت به قول امروزی ها خیلی مالکی بود زیرا هرگز نمی خواست که در مسائل مختلف مماشات کند. از صفات بارز برادرم عشق به پدرم بود».
همراه پدر در روزگار تبعید
فریده مصطفوی اما بارز ترین مشخصه برادرش را مورد اعتماد بودن می داند و درباره او می گوید:« از سال 1340 به بعد که حضرت امام (س)علیه رژیم قیام کردند، ایشان یاری مقاوم و مشاوری امین برای حضرت امام (س) بود. در سال 1342 که ایشان دستگیر شدند، حاج آقا مصطفی(ره) در غیاب پدر، امور شرعی و سیاسی مردم را سامان می داد. حضرت امام (س) به همین دلیل به، درایت و ذکاوت ایشان اطمینان داشتند و کارها را به ایشان ارجاع می دادند؛ براي مثال، در محله یخچال قاضی که بودیم، بسیاری اوقات اتاق ها پر از جمعیت بود و همه منتظر بودند تا ایشان از طرف حضرت امام (س) پیام بیاورد و هر کس کار خود را انجام دهد. بر این اساس، حضرت امام (س) به ایشان زیاد اهمیت می دادند و اعتماد داشتند. در ایامی که امام (س) به ترکیه تبعید شده بودند، ایشان به خوبی در غیاب امام (س) مردم را رهبری می کرد، گویی امام(س) در بین مردم است و راه او را ادامه میداد. به همین دلیل، یك هفته پس از تبعید امام (س)، ایشان را دستگیر کردند».
ورود با بی پولی به عراق
دخترگرامي امام(س) ادامه ميدهد و ميگويد در هنگام خروج از ترکیه و ورود امام به بغداد، وقتی هواپیما به زمین می نشیند، به آن ها می گویند:« شما در فرودگاه بغداد هستید. پس از پیاده شدن، هیچ کس را پشت سر خود نمیبینند، هرکس به دنبال کار خود می رود و آنها در تنهایی مجبور میشوند فکری برای خود بکنند. حتی پول عراقی هم با خود نداشته اند. در فرودگاه پول های خود را تبدیل می کنند و به کاظمین می روند. در آنجا، حاج آقا مصطفی (ره) در مسافرخانه ای تمیز، اتاقی می گیرد، ساکهایشان را در آنجا می گذارند، امام (س) به حرم مشرف می شوند و حاج آقا مصطفی (ره) هم به تلفنخانه می رود. از آنجا به یکی از دوستانش در نجف، به نام شیخ نصرا... خلخالی، که اهل رشت بوده، تلفن می زند و جریان را تعریف می کند. ایشان هم میگوید: تا دو روز دیگر، ما منزلی مناسبِ ایشان با مقداری اثاثیه اولیه تهیه می کنیم تا ایشان به منزل خود وارد شوند. «این کار آنها به این دلیل بود که می دانستند امام(س) نمیخواهند به منزل کسی وارد شوند. بعد تلفنی هم به کربلا می زند و جریان را برای یکی دیگر از دوستان خود تعریف می کند. قرار میشود که حضرت امام (س) برای زیارت به کربلا مشرف شوند و طی مراسم استقبالی که برای ایشان تدارک دیده می شود، به نجف مشرف شوند. اینها نمونهای از اهمیت حضور برادرمان در کنار پدر بود. او را باید نماد همراهی و همدلی با امام دانست».
نگران مرجعیت امام(س) بود
از سوي ديگر، مرحوم صادق طباطبایی نيز که با او از نزدیک برخورد داشته و در ارتباط بوده است، درباره حاج آقا مصطفی می گوید:«حاج آقا مصطفی نگران بود نکند به مرجعیت امام(س) خدشه ای وارد شود و می گفت تا مرجعیت علی الاطلاق ایشان تثبیت نشده است، فعالیتهای گسترده، به اعتبار مرجعیت ایشان صدمه میزند! برای همین وقتی دانشجویان لاییك و چپ برای دیدار ایشان میرفتند سخت نمی گرفت، چون معتقد بود از جانب آنها وصله ای به امام(س) نمی چسبد، ولی وقتی بچه مذهبی ها ملاقات می خواستند، سختگیری های زیادی می کرد!
چون معتقد بود آنها به دلیل انتساب به اسلام، به حضرت امام(س) برچسب سیاسی می زنند و در نتیجه مرجعیت ایشان در معرض خطر قرار می گیرد. در عرف آن زمان، فعالیت های سیاسی برای یك روحانی، ضعف بزرگی محسوب می شد و به ويژه این در حوزه نجف، تفکر غالب بود. امام در سال 1348 از وضعیت حوزه نجف گلایه میکردند و به من گفتندكه برای اینکه بدانی در اینجا چه خبر است، همینقدر به تو بگویم که یکی از مراجع نجف برایم پیغام فرستاد که به اسرايیل چه کار دارید؟ اسرايیل به حوزه چه ربطی دارد؟ امام جواب داده بودند كه اگر اسرايیل بیاید و عراق را بگیرد، باز هم همین را می گویید؟ آن آقا جواب داده بود كه «چه اشکالی دارد؟ به حوزه که کاری ندارد!». به دليل همین جو سنگین بود که حاج آقا مصطفی فعالیت آشکار برای امام(س) را به صلاح نمی دانست و می گفت كه باید احتیاط کرد که بهانه به دست سازمان های امنیتی یا روحانیونی که فعالیت سیاسی را غلط می دانند، نیفتد. البته امام(س) این تحلیل را قبول نداشتند. آقا مصطفی گاهی نيز کنایه های خوشمزه ای می زد. براي مثال می گفت كه آقا تو را دوست دارد، با دیدنت عواطفش گل می کند و پیام هایی را به دستت می دهد که اگر از زیر دستم رد می شد، یا نمیگذاشتم به دست تو برسد و پخش شود یا جاهایش را تغییر می دادم! آقا گاهی فراموش می کند طرفداران ایشان همه دانشجو یا سیاسی نیستند و هنوز در حوزهها فراوانند کسانی که اگر بدانند پسر ایشان فلسفه می خواند، استکانش را آب میکشند و بدبختانه آدمهای تاثیرگذاری نيز هستند!» برای حاج آقا مصطفی آنچه مهم بود حفظ حرمت امام(س) و زعامت ایشان بود و به این جهت در هر حال و موقعیتی همراه با امام(س) قدم برمی داشت.
شهادتي كه ضربه آخر شد
بر اساس آنچه درباره آیت ا... شهید سید مصطفی خمینی گفته می شود او نمونه بارز ايثارگري برای نهضت بوده است و به گفته برخی تحلیلگران، مرگ او آخرین ضربه را به حکومت پهلوی می زند و مردم بدون اینکه حتی بدانند ماجرا چیست، مرگ او را از چشم پهلوی می دانستند و به همین دلیل بعد از مرگ او، حوزه های علمیه و درس علما تعطیل و اعتراضات مردم بیش از پیش سرعت میگیرد تا روزي که نهضت خمینی(س) به پیروزی می رسد.